genShortGenomeSeq

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语法

genShortGenomeSeq(X, window)

别名：genSGS

参数

X STRING 类型标量或 CHAR 类型的向量。

window 正整数，范围为[2,28]。

详情

对给定长度（以字符个数衡量）的滑动窗口内的 DNA 序列进行编码，不忽略空值。返回一个整型向量，其长度与 X 包含的字符个数相同。

注意：

该函数使用向后的窗口，即从当前元素开始向后选取元素。
若 window 大于 X 中所有字符的个数，则返回一个空的整型向量。

返回值：

window 范围	返回值类型
[2,4]	短整型向量（FAST SHORT VECTOR）
[5,12]	整型向量（FAST INT VECTOR）
[13,28]	返回长整型向量（FAST LONG VECTOR）

例子

$ genShortGenomeSeq("NNNNNNNNTCGGGGCAT",3)
[,,,,,,,,795,815,831,831,830,824,801,,]

$ genShortGenomeSeq("TCGGGGCATNGCCCG",4)
[1135,1215,1279,1278,1272,1249,,,,,1258,1195,,,]

$ genShortGenomeSeq("GCCCGATNNNNN",6)
[396972,395953,,,,,,,,,,]
$ genShortGenomeSeq("TCGATCGTCGATCGTCGATCGTCGATCGG",5)
[328113,328390,328475,327789,328118,328411,328556,328113,328390,328475,327789,328118,328411,328556,328113,328390,328475,327789,328118,328411,328556,328113,328390,328475,327791,,,,]
$ genShortGenomeSeq("ACTT",8)
[,,,]